У момент аварії підводний човен знаходився на глибині 920 м. В цей момент в шноркель, пристрій для забору повітря для двигуна підводного човна, потрапила вода. Для того щоб вона не потрапила на батареї або в двигун, в трубі розташований клапан (у випадку з San Juan — клапан Е19), однак він з якоїсь причини не був закритий до кінця. Через нього вода просочилася в акумуляторні батареї. Потім на підводному човні сталося коротке замикання і вибух.
За словами Бурдена, до такого висновку прийшли фахівці німецької суднобудівної компанії Nordseewerke Emden. Вона в кінці 1970-х роках побудувала підводний човен для аргентинських ВМС.
Перед тим як відправитися в останнє плавання, підводний човен був в справному стані, додав контр-адмірал.
Підводний човен зник з радарів 15 листопада 2017 року під час патрулювання в прибережній зоні Аргентини. Пошуково-рятувальні роботи припинили через два тижні. Знайти підводний човен ВМС Аргентини змогли тільки через рік — в середині листопада 2018 року. Він перебував в 460 км на південний схід від міста Комодоро-Рівадавія.
На борту підводного човна перебували 44 людини.
Нагадуємо, у грудні минулого року міністр оборони Аргентини пов’язав загибель підводного човна San Juan з якістю його ремонту.