Імена своїх суперників дізналися 19 переможців першого етапу та три клуби першої ліги — “Агробізнес”, “Волинь” та “Оболонь”. Базова дата матчів раунду — 16 вересня.
Другий попередній етап:
Група А:
“Металург” (Запоріжжя) — “Гірник-Спорт” (Горішні Плавні)
“ВПК-Агро” (Магдалинівка) — “Кремінь” (Кременчук)
Група В:
“Миколаїв” (Миколаїв) — “Чорноморець” (Одеса)
“Нива” (Вінниця) — “Кристал” (Херсон)
“Кривбас” (Кривий Ріг) — “Таврія” (Сімферополь)
Група С:
“Альянс” (Липова Долина) — “Верес” (Рівне)
“Вікторія” (Миколаївка) — “Діназ” (Вишгород)
“Оболонь” (Київ) — “Полісся” (Житомир)
Група D:
“Волинь” (Луцьк) — “Прикарпаття” (Івано-Франківськ)
“Ужгород” (Ужгород) — “Агробізнес” (Волочиськ)
“Епіцентр” (Дунаївці) — “Нива” (Тернопіль).
Як і в першому раунді змагань, через складну епідеміологічну ситуацію з COVID-19 за проханням клубів та за рішенням Дирекції з проведення Кубку України-2020/2021 під час жеребкування використовували географічний принцип посіву.
Варто відзначити, що матч “Металург” (Запоріжжя) — “Гірник-Спорт” (Горішні Плавні) відбудеться 23 вересня.